مع تزايد عدد أبناء قومية هوي المسلمة بدأ الإسلام ينتشر على نطاق واسع في مناطق الصين الداخلية. في أسرة يوان الملكية لم يعد نظام "الضيوف الأجانب" الذي كان معمولا به في فترة أسرتي تانغ وسونغ الملكيتين (618-1279) كافيا للوفاء بمتطلبات إدارة الشؤون الدينية، الأمر الذي جعل حكومة أسرة يوان الملكية تقيم هيئات على المستويين المركزي والمحلي باسم "دار القضاء لقومية هوي" لإدارة الشؤون الدينية والشؤون القومية الداخلية. فأقيمت في كل حي سكني لقومية هوي "دار القضاء لقومية هوي" وعين قضاة لإدارة الشؤون الدينية والقانونية للمسلمين.

وكانت مهمة القاضي الرئيسية هي الفصل في قضايا المسلمين المدنية والتجارية والجنائية. قبل أواسط أسرة يوان الملكية كان القاضي، وهو رجل دين كبير، إماما في نفس الوقت، ويتمتع بمنزلة دينية واجتماعية عالية ولذلك كان البلاط يسميهم "الأساتذة الكبار" احتراما لهم.

وفي أسرة يوان الملكية، كانت "دار القضاء لقومية هوي" تتكون من كبار القضاة، ويسمى المسؤول عنها قاضي دار القضاء لقومية هوي. كانت مهمته الرئيسية الدعاء للأباطرة والإشراف على الشؤون الدينية والدعوة الإسلامية وإدارة الشؤون الإسلامية الداخلية، إضافة إلى الفصل في القضايا الجنائية والاجتماعية وقضايا الأحوال المدنية للمسلمين وفقا للشريعة الإسلامية.

وكان القاضي موظفا حكوميا وزعيما دينيا للمسلمين، وعلى هذا النحو كان يمارس سلطة الإدارة الذاتية الحكم التي تجمع بين الدين والسياسة. وتأسست "دار القضاء لقومية هوي" في أسرة يوان الملكية بمرسوم إمبراطوري، حدد فيه الإمبراطور صلاحيات هؤلاء القضاة لإدارة شؤون مسلمي الصين في كل مكان. كان لإقامة "دار القضاء لقومية هوي" دور كبير في نشر الإسلام بالصين على نطاق واسع، كما أن أعمال القضاة اصبحت مرشدا نظريا أدى لبلورة فكرة "الإخلاصين" (الإخلاص لله والإخلاص للحكام) في أواخر أسرة مينغ الملكية (1368-1644) وأوائل أسرة تشينغ الملكية(1644-1911).

مع تزايد عدد مسلمي الصين والمساجد أصبح الوفاء بمتطلبات أنشطتهم الدينية حاجة فعلية، ومن هنا أخذ نظام إدارة الإمام للمسجد والشؤون الإسلامية يتغير ليتشكل تدريجيا نظام يتولى فيه ثلاثة أفراد إدارة المسجد والشؤون الإسلامية، وهو النظام الذي سمي "رجال الدين الثلاثة".

رجال الدين الثلاثة هم الإمام والخطيب والمؤذن. ونظام "رجال الدين الثلاثة" قصد به تولي هؤلاء الثلاثة إدارة المسجد والشؤون الإسلامية، وهذا النظام اكتملت ملامحه النهائية في أسرة مينغ الملكية، وهو نظام اجتهادي للإسلام في الصين أسفرت عنه البيئة الصينية، فلا نكاد نرى له مثيلا في الدول الإسلامية.

في أواسط وأواخر أسرة يوان الملكية ألغيت "دار القضاء لقومية هوي" وحل محلها "نظام الجمعية الإسلامية"، الذي كان منظمة إسلامية غير حكومية لا تتبع للحكومة المحلية، ولكنها هيئة تنظم النشاطات الإسلامية في الدولة. تميز هذا النظام بما يلي: أولا، استقلال الجمعية الإسلامية، وعدم وجود علاقات تربط بين الجمعيات. ثانيا، عدم انحياز الجمعيات. ثالثا، اتخاذ المسجد مركزا يجمع بين الدين والسياسة والاقتصاد والثقافة والنشاطات الاجتماعية والشؤون المدنية. رابعا، الفصل بين الشؤون الدينية وشؤون المسجد، وأيضا الربط بينهما في آن واحد.

تشكلت "الجمعيات الإسلامية" في المدن أولا، ومع تطبيق سياسة "الجندية/الفلاحة" في أسرة يوان الملكية تشكلت الجمعيات الإسلامية في الأرياف على التوالي، وكان المسجد مركز الجمعية الإسلامية وأساس نشأتها.

وفي عهد أسرة يوان الملكية، أنتشرت المساجد في المناطق المأهولة بأبناء قومية هوي، مما شكل دليلا على رسوخ جذور الإسلام في الصين. المسجد، كموقع يقوم فيه المسلمون بالنشاطات الإسلامية، يلعب دورا هاما في تعزيز إيمان المسلمين وتعليمهم وأداء واجباتهم الدينية بوعي. ووجود المسجد له مغزى هام في العالم الروحي للمسلمين. في عهد أسرة يوان الملكية، كان المسجد قد تعددت وظائفه تدريجيا؛ من مكان يؤدى فيه المسلمون صلاتهم ويتلون القرآن الكريم إلى مدرسة تدعو للإسلام وتنشر تعاليمه؛ وإلى موقع يعمل فيه زعماء المسلمين لمعالجة شؤون الجمعيات الإسلامية، وأيضا مكان لإحياء ذكرى الموتى وتقديم الخدمات للمسلمين، وانتهى به الأمر أن أصبح مركزا لما يسمى بالتعليم المسجدي، وخاصة أنه بعد استكمال نظام الجمعيات الإسلامية وتطور الاقتصاد والأعمال الخيرية، أصبح المسجد مكانا هاما في حياة المسلمين الاجتماعية. وقد تهدم كثير من المساجد التي أنشئت خلال الفترة من القرن الثالث عشر إلى أواسط القرن الرابع عشر بسبب الكوارث الطبيعية والحروب ولكن لا يزال بعضها قائما إلى اليوم في حالة جيدة، مثل مسجد تشنغجياو في مقاطعة هانغتشو، مسجد سونغجيانغ بشانغهاي، مسجد نانتشنغ ومسجد يونغنيان في كونمينغ حاضرة مقاطعة يوننان، مسجد دونغسي ببكين.